清军入关，给李自成农民军以沉重打击。公元1645年，李自成牺牲后，主力部队由李自成的侄子李锦和高一功（李自成夫人高氏的弟弟）率领，开到湖南；另一支部队由郝摇旗、刘体纯等人率领先后进入湖南、河北一带，他们决定和明军联合一致抗清。当时，南明隆武政权正受到清军的威胁，看到农民军能征善战，就去招抚这支农民军，将李锦、高一功的部队命名为忠贞营，将郝摇旗、刘体纯的部队整编为十三营。不久，隆武帝遇难，永历政权建立，农民军又归顺了永历政权。后来，李锦病死，高一功率领部队离开永历政权，开到贵州。高一功在一次战斗中牺牲，李锦的义子李来亨成了这支队伍的首领。他带领人马来到四川湖北交界的夔东，同郝摇旗部队会合。
公元1663年春天，康熙派湖广总督张长庚率军进攻茅麓山，被李来亨设计杀死杀伤清军一万多。张长庚见势不妙，夹着尾巴溜了。
于是，康熙又调集重兵围攻夔东。后来，刘体纯、郝摇旗在与清军作战中英勇牺牲了，农民军只剩下了李来亨这一支。李来亨率领几万战士坚守在茅麓山，多次打退了清军的进攻。但由于长期作战，没时间种田，积蓄的粮食就要吃完了。清军从一个叛徒口中得知农民军的粮食已尽，又得知山上地势和军事的情况，就派兵绕到后山，趁着大雾弥漫，费了九牛二虎之力，爬上了通梁山岭，占据了要塞。
李来亨听说通梁失守，意识到决战的时刻到了，从容地指挥战士们突围。战士们奋勇拼搏，与清军展开了一场殊死的战斗。他们手持长矛利剑，拼命厮杀，喊杀声响彻茅麓山，清军无不胆战心惊。清军仗着人多，援兵又源源不断，终于攻破了山寨。李来亨见将士们越来越少，知道大势已去，就让自己的妻子儿女坐在一间屋子里，亲自放了把火，然后自己也上吊死了。茅麓山一役后，明末农民起义军的最后一支被清军镇压下去了。
