公元1661年三月，为长期抗击清军打算，郑成功率军队2.5万人、战船数百艘，由原荷兰翻译何廷斌和熟悉航路的渔民引导，自金门料罗湾出发，横渡台湾海峡，次日抵达澎湖。
四月初，郑成功先以4000余人抢占鹿耳门港（今台南安平港北）南侧之北线尾岛；自率主力万余人通过大海湾，直插赤嵌城（在今台南市内）北之禾寮港，迅即在台湾本岛登陆。
郑成功首先指挥将士包围了赤嵌城，并切断了赤嵌城与台湾城两处守军的联络。荷军总督揆一几次增援，都被歼灭。黔驴技穷之下，揆一派出使者到郑成功的大营来议和，答应给郑成功大量犒军物资和白银，郑成功严词拒绝，并郑重重申：台湾自古以来是中国领土，你们必须无条件归还，决不允许再讨价还价。
公元1662年年初，在郑成功的多次围攻和对来增援的荷兰军沉重的打击下，揆一顽抗待援的希望彻底破灭，被迫缴械，并在投降书上签了字。至此，被奴役了38年的台湾岛终于回到祖国怀抱。此后，郑成功在台湾建立行政机构，改赤嵌为东都明京，设承天府和天兴、万年两县，改台湾城为安平镇。下屯垦令，组织部众垦荒屯粮，整顿法纪，促进了台湾当地政治与经济的发展。当年六月，年仅39岁的一代抗清名将郑成功病卒台湾。
