1897年,夏瑞芳、高凤池、鲍咸恩等人创办商务印书馆,初期主要从事商业簿册报表之印刷业务。1902年,张元济进入上海商务印书馆,改变该馆业务范围,从印刷业走向出版业。1904年,商务印书馆出版中国第一套科目齐全的中小学教科书——《最新教科书》,为开办新式学堂提供了启蒙课本。从此,出版教科书成为商务印书馆的传统。而且,印刷出版的范围更加广泛,遍及大、中、小学教科书及自然科学、社会科学、应用技术、工具书、儿童读物、古籍、文学艺术等书籍,并且发行期刊。上海商务印书馆影响越来越大,在香港、新加坡等地设有分馆。1905年,与日商合股,改组为股份有限公司。
1932年,在“一·二八”事变中,该馆大部分遭日军炮火焚毁,后部分恢复。1954年,总馆迁址北京。