袁世凯当上临时大总统后,任唐绍仪为内阁总理,组织内阁。但唐绍仪却倾向于同盟会,不为袁世凯所用。不久,唐绍仪便愤而辞职。排逐了唐绍仪,却不料又冒出个宋教仁。于是,袁世凯与国务总理赵秉钧密议谋杀了宋教仁。袁世凯又授意军政执法处逮捕8名国民党议员,用重金拉走了10多名国民党参议院议员,为他竞选大总统铲平道路。
1913年10月6日举行大总统选举。袁世凯派了几千名便衣军警、地痞、流氓打着“公民团”的旗帜,将会场围了个水泄不通,并高呼:“不选袁世凯为大总统,不许出会场一步!”选举开始后,议员们受到层层包围,许进不许出。
第一次投票,袁世凯得票刚过半数,离法定票额相差太远。已近中午,主席宣布休息后再投;第二次投票,袁比上次多了一些,但还是不到法定票额。天已黑了,仍不能散会。主席汤化龙宣布“两次投票无人当选,就第二次得票较多者二名决选之,以得票过半者当选”,请大家在袁世凯、黎元洪二人中选一。议员们已一天没吃东西,饿得头晕眼花,那些烟徒们更是痛苦异常。在这种情况下,一直到晚上10点才得出第三次投票结果,袁世凯得票过半数。于是,主席汤化龙大声宣告:袁世凯当选为中华民国第一届大总统。1913年10月10日,袁世凯在紫禁城太和殿宣誓就任中华民国第一届正式大总统。